Часы бегут - часы идут быстрее, вперед, часы стоят - остановились, часы отстают - опаздывают.

"Часы бегут". Если в прямом смысле слова (не метафора), так можно сказать о часах, стрелки которых действительно все время бегут вперед, опережая точное время.  Так говорят и в тех случаях, когда речь идет о том, что время быстро движется, торопит. Например, вы долго ждете ответа и напоминаете о том, что прошло уже немало времени - "часы бегут".  
 
"Часы стоят" - можно сказать о часах, которые по каким-то причинам остановились. Или в переносном смысле о времени, которое, кажется, движется так медленно, что можно сказать, что часы стоят.
 
"Часы отстают" - стрелки часов показывают время, которое расходится с точным (на отстающих часах время меньше).