Город расположен недалеко от реки Усень в 180 км от Уфы.
Впервые упоминается в 1715 году как селение Белебеево. Основано чувашами. В 1781 году получил статус уездного города, став центром Белебеевского уезда Уфимской губернии. В 1796 годууезд отнесён к Оренбургской губернии. В 1865 году после разделения Оренбургской губернии на Уфимскую и Оренбургскую Белебей вошел в состав Уфимской губернии.
Местное население занималось земледелием, мелкой торговлей и пчеловодством
В 1953 году началось интенсивное развитие города в связи с открытиемШкаповского нефтяного месторождения и созданием в 1955 году нефтепромыслового управления «Аксаковнефть».
В 1982 году в состав города была включена деревня Малобелебейка.
До 2010 года Белебей имел статус исторического поселения, однако Приказом Министерства Культуры РФ город был этого статуса лишён.
.