Окончание -е имеют существительные 1-го склонения (кроме существительных на -ия) в дательном и предложном падеже и существительные 2-го склонения (кроме существительных на -ий, ие) в предложном падеже: к сестре, к няне, о сестре, о няне; о столе, о коне, о воробье.

в родительном падеже единственного числа нет окончания -е: нет сестры, нет няни, нет Марии, нет Марьи, нет ночи; Т. е. у них окончание -и

И. п. 1скл. земля; 2скл. конь, село; 3 скл. степь
Р. п. (нет) землИ, конЯ, окнА, степИ
Д. п. (дать) землЕ, конЮ, окнУ, степИ
п. п. (думаю о) о землЕ, о конЕ, об окнЕ, о степИ
 
Вывод: у им. сущ. 1 скл. в Р. п. окончание -И, в Д. п. и П. п. окончание - Е;
у им. сущ. 2 скл. в П. п. окончание Е;
у им. сущ. 3 скл. в Р. п. Д. п. П. п. окончание -И.