На верхушке (чего?) дерева (Р. п.) дерево (оно мое)- (2 скл.)
на поверхности(чего?) воды (Р. п) вода (она моя)- (1скл.)
на крыше (чего?) дома (Р. п.) дом (он мой)- (2 скл)
 
 

На верхушке(1 скл. предложный падеж) дерева(2 склонение, родительный падеж);
На поверхности(3 склонение, предложный падеж) воды(1 склонения, родительный падеж);
На краше(1 склонение, предложный падеж) дома(2 склонение, родительный падеж)